Важность
исследования строения генома ВИЧ обусловлена тем, что в основе
всех патологических процессов, происходящих при заражении
вирусом, лежит экспрессия вирусных генов. Изучение структуры
генетического аппарата ВИЧ с помощью молекулярного клонирования
выявило его сложную организацию и значительные различия между
изолятами. ДНК провируса имеет 9283 пары нуклеотидов (п.н.)
и окружена длинными концевыми повторами - LTR - в 638 п.н.
В LTR выявляются все обычные регуляторные элементы. В качестве
затравки при синтезе минус цепи ДНК ВИЧ используется тРНКлиз,
в то время как большинство ретровирусов млекопитающих используют
тРНКпро. ТРНКлиз используется и при синтезе минус-цепи ДНК
вируса опухоли молочных желез мышей (MMTV), который имеет
и очень сходную последовательность полипуринового тракта.
Однако на этом сходство ВИЧ и MMTV заканчивается. Как стало
ясно этот ретровирус имеет мало общего и с ретровирусами человека
HTLV-1 и HTLV-2, хотя в ранних сообщениях говорилось об их
взаимной гомологии. Наиболее близкими к ВИЧ как по морфологии,
так и по течению вызываемого заболевания оказались вирусы
группы лентивирусов. Клонированная провирусная ДНК вирусов
висна и инфекционной анемии лошадей, относящихся к подсемейству
лентивирусов, образует стабильные гибриды с провирусной ДНК
ВИЧ. Анализ первичной последовательности нуклеотидов этих
провирусных ДНК выявил обширные участки гомологии, особенно
в областях генов gag и pol.